Содержание документов и папок в каждом случае уникально, но сама база знаний — это всегда некая среда, где хранится вся информация о работе компании. От идеологии (информация о миссии и ценностях компании) до бытовых вопросов (где пообедать или что делать, если опоздал на работу). Это могут быть внутренние регламенты и инструкции, скрипты для работы с клиентами, архив реализованных проектов, сборник полезных статей — все, что вы посчитаете нужным.